Uno de los propósitos de la Cooperación Española en su actuación en los países de América Latina es la apuesta por la innovación, al entenderse ésta como un elemento principal de desarrollo económico y de cohesión social. La construcción y consolidación de instrumentos y políticas públicas en materia de innovación y la colaboración científica y tecnológica entre los países socios servirá a estos para fortalecer de manera más sostenible sus procesos de desarrollo.

La Comunidad Temática de Conocimiento (CTC) de Innovación, mediante la programación de actividades plurianuales de intercambio y transferencia de conocimiento, busca responder a las necesidades y demandas de los países socios de América Latina en este ámbito, particularmente en el de las políticas públicas de innovación, mediante una adecuada estrategia de gestión y sistematización de conocimiento y de creación de redes de intercambio entre expertos en la materia.

​​Actualmente la programación de actividades incluidas en la CTC de Innovación se enmarca en el área de políticas públicas de investigación, desarrollo e innovación (I+D+i).